南京学费补偿代偿办理程序：
1、登录大学生征兵报名系统，填写、打印《高校学生应征入伍学费补偿国家助学贷款代偿申请表》并提交学校学生资助管理部门。
2、学校相关部门对《申请表》中学生的资助资格、标准、金额等相关信息进行审核，加盖公章，一份留存，一份退还学生。
3、学生在征兵报名时将《申请表》交至入伍所在地县级人民政府征兵办公室。学生通过征兵体检被批准入伍后，县级征兵办对《申请表》加盖公章并返还学生。
4、学生将《申请表》原件和入伍通知书复印件，寄送至原就读高校学生资助管理部门，由学校向学生补偿学费、偿还助学贷款或资助学费。
注：学费补偿、国家助学贷款代偿和学费减免标准：本专科学生每人每年最高不超过8000元，研究生每人每年最高不超过12000元。