1、黄芩生长2年后便可采挖，三年生黄芩最好，一般在秋季9月下旬采挖。
2、通过对比发现，三年生鲜根和干根产量均比二年生增加1倍左右，商品根产量高出2~3倍，而且主要有效成分黄芩苷的含量也较高，故以生长3年为收获最佳期。为了避免伤根，多采用机械方式采挖，首先用镰刀割去茎杆，挖出后除去残茎根须和泥土，晾晒至全干，然后扎把压条。