GEO 数据上传指南
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发布时间：2024-10-23 20:54
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时间：2024-11-06 18:45
在高通量测序分析完成之后，用户需将其数据上传至GEO数据库以实现与全球研究人员共享。GEO数据库全称为Gene Expression Omnibus，中文意译为基因表达集锦，由美国国家生物信息中心（NCBI）管理，主要用于存储基因表达谱和RNA修饰谱数据。以下是上传数据的基本步骤。
1、创建NCBI账号
从2021年6月起，NCBI因安全原因已停止新用户注册。若无已有账号，需通过第三方账户登录。首先，访问NCBI网站，点击右上角的“Sign in to NCBI”，选择左侧面板中的“Sign in with”并选择第三方登录选项。如无NCBI推荐的Google、NIH、eRA等选项，可搜索其他第三方登录方式，如大学名称或使用微软账户。
在创建NCBI账号后，还需完善GEO个人信息，包括姓名、单位、电子邮箱等，并确保邮箱稳定，避免使用qq.com、163.com等商用邮箱。
2、上传数据
在完成账号注册和个人信息填写后，即可开始上传数据。访问NCBI网站，点击“Submit”图标跳转至“Submission Portal”，选择GEO链接并进入。在GEO主页选择所需上传的数据类型，如高通量测序数据，点击相应选项。
准备上传文件
需要上传三类文件：元数据表格、处理过的数据和原始数据。
(1) 元数据表格
下载并填写“seq_template.xlsx”模板，内容包括研究描述、样本信息、实验方法、数据处理方法及文件名说明。
(2) 处理过的数据
(3) 原始数据
遵循上传要求准备文件，处理过的数据使用云序生物提供的表格，原始数据使用Gzip压缩的FASTQ文件，已由云序生物处理。
创建个人上传空间
按照要求准备文件后，点击“Transfer Files”创建个人上传空间。记录上传所需服务器信息，并使用FTP软件FileZilla进行文件传输。
FTP上传软件的安装和使用
云序生物已提供FTP软件安装文件，根据系统版本下载并安装。若使用macOS或Linux，可从FileZilla官网下载相应版本。安装后，通过软件输入服务器信息，快速连接上传文件。
4、上传成功后的步骤
上传完成后检查文件大小，确保相同。在GEO网站上点击“Notify GEO”按钮，并等待GEO确认数据已接收。
5、温馨提示
考虑到数据上传对论文发表的重要性，以及可能出现的网络不稳定和GEO审核情况，建议至少在截止日期前一个月开始数据上传。若不希望数据在论文发表前公开，可设置GEO数据公布时间或通过邮件指定。
