怎么用megalig比对基因序列?
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发布时间：2024-10-23 20:54
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时间：2024-10-29 12:09
DNAstar软件中，MegAlign程序专为序列比对而设计。要开始使用，首先在程序中新建一个工作文件（点击File---New）并导入需要比对的序列（点击File---Entersequeces）。文件格式支持多样，如.seq、.abi、.pro、.fas等。导入后，通过点击Align选择序列比对算法，一般推荐使用Clustal W。Clustal W是一种渐进的多序列比对方法，通过构建距离矩阵计算产生系统进化指导树，并对关系密切的序列进行加权，逐步引入其他序列直至完成比对。比对结果中，相似性最高的区域用红色表示，同源性较低的区域则以蓝色或绿色显示。需要注意的是，多序列比对不会自动对序列进行反向互补后再比对，因此反向互补后同源性高的序列可能检测不到。对于这种情况，可以采用One Pair比对方法，此方法提供了多种算法，用户可自行选择。在One Pair比对时，先选择要对比的两个序列。完成比对后，通过序列上的右键菜单选择Alignment color设置显示参数，全选参数可直观显示比对结果，最上方一栏提供相似性的相关信息。
