首先由NCBI或其他查询基因途径获取要比对的目的蛋白氨基酸序列(网站上有很多此类说明)我的由于序列较多,就先把氨基酸序列复制到文本文件中
之后将序列文本文件扩展名改为.fas
之后打开MEGA软件进行序列比对,选择Align---Edit/Build/Alignment---Retrieve sequence from a file---选择文件---确定,输出结果默认以最右端蛋氨酸对齐,如图
在建树之前序列应该以保守序列比对模式进行,选择Alignment---Align by ClustalW,以输出以保守序列比对结果,如图
保存序列比对文件,默认格式为*.mas格式,并选择phylogeny---construct/Test UPGMA Tree进行建树,步骤如图
选择蛋白序列
之后就会输出树,如下
之后可以根据不同要求更改树形,选择下图按钮进行输出设置并输出环形树
之后可以保存到指定文件,同时也可以将树以pdf格式导出,选择image---Save as pdf file或者png file
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