合伙纠纷账目不清处理方式如下：
1、先协商解决，如果协商解决不成，可以向法院提起诉讼。合伙帐目不清，在有部分财产和账目清楚地情况下，法院会就明确的部分先行判决；
2、在共同共有关系终止时，对共有财产的分割，有协议的，按协议处理；没有协议的，应当根据等分原则处理，并且考虑共有人对共有财产的贡献大小，适当照顾共有人生产、生活的实际需要等情况。
起诉流程，合伙协议纠纷同一般民事诉讼纠纷的诉讼方式相同，要满足起诉的条件。根据法律规定，起诉的条件具体如下：
1、原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
2、有明确的被告；
3、有具体的诉讼请求和事实、理由；
4、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。在满足上述标准后，草拟民事起诉状，到管辖法院立案起诉。
起诉材料
1、原告主体资格的材料。如居民身份证、户口本、护照、港澳同胞回乡证、结婚证等证据的原件和复印件；企业单位作为原告的应提交营业执照、商业登记证明等材料的复印件；
2、证明原告诉讼主张的证据。如合同、协议、债权文书（借条、欠条等）、收发货凭证、往来信函等。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百七十七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
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