特殊病种证办理流程：
1、首先需要二级及以上的医疗机构的专科医生帮忙开具需要办理特殊病种的诊断证明，以及相关资料，然后再到当地医保办领取一个特种病种的门诊申报单，接着将申报单填写完整，盖上医院医保办的公章；
2、然后，再到当地医保中心找到特种病办理窗口，办理盖章；
3、最后再把盖好章的申报单拿回医院，医院再进行备案。
特殊病种医疗证有什么用：
为了方便特殊疾病、慢性病患者更加方便治疗，各地医保部门根据国家相关医疗保险制度的规定，实施了特殊疾病，慢性病门诊治疗制度。参保人员所患疾病在规定的门诊特殊疾病病种范围内，可申请办理门诊特殊疾病认定，享受规定的门诊特殊疾病待遇。这就是大家所说的门诊特殊疾病，慢性病就医卡，有的地方也就就医证。凡是取得了门诊特殊疾病、慢性病就医卡的参保人，在门诊看病和拿药，可以享受和住院同等比例的医疗报销待遇。
【本文所涉及的法律依据】：：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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