农村合作医疗在医院报销的流程如下：
1、挂号：到医院门诊挂号处进行挂号，选择农村合作医疗报销方式，并提交相关证明材料，如农村合作医疗证、身份证等；
2、就诊：在医院就诊，医生会根据患者的病情开具处方和检查单；
3、缴费：患者携带处方和检查单到医院收费处进行缴费，同时将农村合作医疗证和身份证等证明材料交给收费员；
4、报销：缴费后，患者到医院农村合作医疗报销处进行报销。报销人员会核对患者的证明材料，并根据农村合作医疗政策规定的比例进行报销；
5、领取报销款项：报销后，患者可以直接领取报销款项或将款项汇入指定银行账户。
农村合作医疗在医院报销后果：
1、减轻病人负担：农村合作医疗是一种政策性医疗保险，可以帮助农村居民减轻医疗费用负担，尤其是对于一些大病和长期治疗的病人，更能减轻经济压力；
2、提高医疗水平：农村合作医疗可以鼓励农民前往医院就诊，提高医疗水平，促进医疗资源的合理配置；
3、促进社会公平：农村合作医疗可以缩小城乡医疗差距，促进社会公平，提升农民的健康水平和生活质量；
4、保障医疗安全：农村合作医疗可以保障农民的医疗安全，避免因为经济原因而影响诊疗效果，保护农民的合法权益。
综上所述，不同地区的农村合作医疗政策可能有所不同，具体的报销流程和要求还需要根据当地政策进行调整。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条
国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
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