法律分析：员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣：
1、住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
2、住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
其次开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，具体如下：
1、住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；
2、住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%；
法律依据：《中华人民共和国会计法》 第十四条 会计凭证包括原始凭证和记帐凭证。办理本法第十条所列的经济业务事项，必须填制或者取得原始凭证并及时送交会计机构。会计机构、会计人员必须按照国家统一的会计制度的规定对原始凭证进行审核，对不真实、不合法的原始凭证有权不予接受，并向单位负责人报告；对记载不准确、不完整的原始凭证予以退回，并要求按照国家统一的会计制度的规定更正、补充。原始凭证记载的各项内容均不得涂改；原始凭证有错误的，应当由出具单位重开或者更正，更正处应当加盖出具单位印章。原始凭证金额有错误的，应当由出具单位重开，不得在原始凭证上更正。记帐凭证应当根据经过审核的原始凭证及有关资料编制。
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