施工合同的补充协议不需要备案，补充协议作为合同的组成部分，也应按照建设部的要求到主管部门备案。由于建设部所做规定不属于法律、行政法规，因此，施工合同未备案并不必然导致合同无效。
相关法律规定：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
一、如何认定发包人欠付工程款
追索工程款时，承包人不需要提供证据证明拖欠工程款，而是提供证据证明发包人需要支付工程款，如承包合同、工程竣工验收材料、工程决材料等。发包人不能证明已经支付工程款的，法院就会判决承包人胜诉。
《中华人民共和国民法典》
第八百零七条【发包人未支付工程价款的责任】发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》
第二十一条当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，人民法院应予支持。
第二十二条当事人签订的建设工程施工合同与招标文件、投标文件、中标通知书载明的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款不一致，一方当事人请求将招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据的，人民法院应予支持。
二、重庆市施工合同备案时间是什么
施工合同签订七天之后就需要送到建设行政主管部门进行备案。
《招标投标法》第四十七条规定：
招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。
申请办理合同备案需要提供以下材料：
1、《建设工程施工合同备案表》（收取原件4份，此表要到政务中心窗口领）。
2、全部《建设工程施工合同》；
3、提供施工合同原件正、副本各不少于2份，留存副本1份，建议签订施工合同使用统一格式的示范文本），
招标文件和招标控制价及电子数据，（收取包括招标文件制式文本和招标控制价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式电子数据1份）。
4、中标人的商务标和中标价及电子数据（收取包括商务标和中标价加盖申请单位公章的复印件各1份和电子表格形式数据1份，）。
5、经发、承包双方确认的工程预算书（收取工程预算书加盖申请单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份，）。
6、实行担保的工程，需提交双方的担保保函；（查验原件，收取加盖单位公章的复印件1份和电子表格形式电子数据1份）。
7、法定代表人授权委托书（收取原件1份）。
8、《办理建管手续联系单》（查验原件，收取加盖申请单位公章的复印件1份）。
9、中标通知书（收取加盖申请单位公章的复印件1份）
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