被告主体不适格的处理是：驳回原告的诉讼请求。被告主体不适格法院仍会受理起诉，因为被体适格并不是起诉需符合条件，所以法院仍会受理进行审理，但会驳回原告的诉讼请求。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条 起诉必须符合下列条件： （一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织； （二）有明确的被告； （三）有具体的诉讼请求和事实、理由； （四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
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