行政机关违法查封店铺，权益受损人按如下步骤赔偿：
1、向工商部门提出赔偿申请。
2、决定赔偿的，会制作赔偿决定书；
决定不予赔偿的，会说明不予赔偿的理由。
3、规定期限内未作出是否赔偿的决定，或对赔偿请求人对赔偿的方式、项目、数额有异议的，或者工商局作出不予赔偿决定的，赔偿请求人可以向法院提起行政诉讼。
【本文关联的相关法律依据】
《国家赔偿法》第九条规定，赔偿义务机关有本法第三条、第四条规定情形之一的，应当给予赔偿。
赔偿请求人要求赔偿应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出。
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