公司违法扣押证件员工怎么处理

公司违法扣押证件员工可以向劳动监察部门投诉。
向劳动监察部门投诉的方法如下：
1、对于举报投诉的来信或者上级部门及其他部门交办、转送的来信统一由投诉处理人员拆封、登记，对于的投诉人或咨询人员，先填写投诉举报登记表投诉举报登记表，如果因同一事由引起的5人以上集体投诉的，应当推选代表1至5名，并填写委托书，所有人员均在委托书中签名；
2、对于举报投诉信件，在拆封、登记时予以审查，符合立案条件的，在收到信件之日起5个工作日内依法受理，对于不符合立案条件的投诉，在接到投诉之日起5个工作日内决定不予受理，并书面通知投诉人；
3、接待人员根据举报投诉反映的情况，对案件进行归类，并作相应的分流处理：
（1）属举报类案件，如拖欠工资、未办用工手续、未签劳动合同、超时加班加点、工资低于最低工资标准、收取押金、非法使用童工、侵害女职工或未成工特殊劳动保护权益等，填写群众来信来访处理表，并报批受理后由劳动监察大队查处；
（2）属劳动争议类案件，如因工资支付争议、劳动合同争议、离职或辞退或除名或开除争议、工伤待遇争议以及因经济补偿金、赔偿金、违约金发生争议等，可以进行行政调解，若事实不清或无法调解或当事人不愿调解的，告知投诉人应自知道或应当知道其权利被侵害之日起60日内向劳动仲裁机构提出仲裁申请。
申请劳动仲裁的条件如下：
1、申请仲裁人应为劳动争议的当事人；
2、当事人申请仲裁的事项是与劳动权利义务有关的劳动争议；
3、当事人应在知道或应当知道其权利受侵害之日起一年内申请仲裁；
4、当事人应向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
综上所述，劳动者合法权益受到侵害的可以向有关部门进行投诉，提交相应的证据材料，也可以申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
【法律依据】：
《劳动保障监察条例》第七条
各级工会依法维护劳动者的合法权益，对用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况进行监督。
劳动保障行政部门在劳动保障监察工作中应当注意听取工会组织的意见和建议。
第八条
劳动保障监察遵循公正、公开、高效、便民的原则。
实施劳动保障监察，坚持教育与处罚相结合，接受社会监督。