5分钟看懂KEGG代谢通路图

5分钟看懂KEGG代谢通路图做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌⽣，今天就跟⼤家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？⾥⾯的点、线、不同颜⾊都代表什么含义。KEGG Pathway分类⼀般，KEGG中存在三⼤类代谢图，每个数据路的pathway都有相应的唯⼀编号，如map00010，据此可在kegg数据库官⽹查询：第⼀类、reference pathway：根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有⼀般参考意义的代谢图。通路图中的⼩框都是⽩⾊，⽅便个性化填充颜⾊，在KEGG中名字以map开头，节点代表某⼀基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，⽐如map00010；http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010第⼆类、species-specific pathway：物种特有代谢通路图。绿⾊⼩框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿⾊的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英⽂缩写，⽐如⼈的糖酵解通路图，hsa00010。http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway：ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表⽰该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底⾊以蓝⾊表⽰。例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010图中的符号的解释：代谢通路图中，⼀般就是酶，⽅框⾥⾯的数字代表EC编号；⼩圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。具体官⽅解释如下（附链接）：http://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html翻译结果（来⾃⽹络仅供参考）：KEGG图的知识说到这⾥就暂告⼀段落了。更多⽣物信息课程：1. ⽂章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分⽂章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族⽂献思路解读2. 转录组数据理解不深⼊？图表看不懂？点击链接学习深⼊解读数据结果⽂件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（⽆参）结果解读3. 转录组数据深⼊挖掘技能-WGCNA，提升你的⽂章档次，学习链接：WGCNA-加权基因共表达⽹络分析4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组⽂献解读5. 微⽣物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU⽹络图绘制、cytoscape与⽹络图绘制课程6. ⽣物信息⼊门到精通必修基础课，学习链接：linux系统使⽤、perl⼊门到精通、perl语⾔⾼级、R语⾔画图7. 医学相关数据挖掘课程，不⽤做实验也能发⽂章，学习链接：TCGA-差异基因分析、GEO芯⽚数据挖掘、GSEA富集分析课程、TCGA临床数据⽣存分析、TCGA-转录因⼦分析、TCGA-ceRNA调控⽹络分析

8.其他课程链接：⼆代测序转录组数据⾃主分析、NCBI数据上传、⼆代测序数据解读。